A Pedra Fundamental da Igreja de São João Batista, foi colocada no dia 5 de agosto de 1928 pelos padres da Paróquia de São Pedro. Continuou como Capela de São Pedro até 9 de Janeiro de 1963, quando foi criada a Paróquia do Sagrado Coração de Jesus e São João Batista que passou para a administração dos Redentoristas, assumindo como 1° Pároco, o padre Redentorista Bento Dashonest. No dia 22 de julho de 1963, o padre João Afonso Walter Steike, assumiu a paróquia, ficando o padre Bento como vigário cooperador. Atual Igreja é do ano de 1959, feita também pelos Padres da São Pedro.

Em 1995 a Paróquia de São João Batista foi desmembrada da Paróquia do Sagrado Coração de Jesus tornando-se assim independente. O primeiro Pároco foi o Mons. Francisco de Assis Pereira, que tomou posse no dia 25 de agosto de 1995, permanecendo na Paróquia somente até o dia 25 de Janeiro de 1996 quando tomou posse com Adm. Paroquial o Padre Robério Camilo da Silva.

A comunidades que hoje compõem a Paróquia de São João Batista são: Igreja de Nossa Senhora do Líbano, Igreja de Santo Antônio de Pádua, Igreja do Cristo Redentor, e a Igreja Matriz de São João Batista.

Os limites da Paróquia são os seguintes: Av. Alexandrino de Alencar, Av. Salgado Filho, Av. Romualdo Galvão, Av. Amintas Barros, Rua Jaguarari até à Av. Alexandrino de Alencar.

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A fim de dar assistência religiosa à população residente nas proximidades da lagoa que existia nas confluências das avenidas Alexandrino de Alencar e Prudente de Morais, os padres da paróquia do Alecrim resolveram erguer a Capela de São João Batista. Tomou a frente dos trabalhos, os padres Agostinho Hanecken, que era, então, o coadjutor da Paróquia do Alecrim. Sobre a realização desta obra, a melhor fonte histórica é, sem dúvida, o Livro de Tombo da Paróquia do Alecrim. Lá está escrito o seguinte: "Tendo sido dado, anteriormente, pelo Município, um pequeno terreno, sito à rua São José, e julgado geralmente impróprio para a construção da capela, ofereceu o sr. Manoel Bezerra um pedaço de um seu terreno na Curva do Bonde, começando-se então aí, os trabalhos da construção. Havendo entre a rua e a recente construção um terreno de João Alexandrino de Lima foi aquele comprado para a capela por seiscentos mil réis (600$000)". (p.19)

Atendendo à solicitação do padre José Bissingir, vigário do Alecrim, o administrador diocesano, Monsenhor Alfredo Pegado de Castro Cortez deu a devida licença canônica para a construção desta capela, no dia 31 de julho de 1928. Uma vez feito isto, "aos cinco dias do mês de agosto, no subúrbio denominado "Lagoa Seca", presentes os excelentíssimos senhores Presidente do Estado e Governador do Bispado, muitas das mais altas autoridades eclesiásticas e militares, representantes da imprensa, das associações e das diversas classes sociais, o Reverendíssimo Monsenhor Alfredo Pegado de Castro Cortez, governador do Bispado, procedeu à solene cerimônia da bênção e lançamento da primeira pedra para construção da Igreja de São João, de conformidade com o ritual mandado observar pela Igreja Católica Apostólica Romana.

Em seguida, foi lavrada em autos e em papéis especiais uma ata em duplicata para ser assinada pelas autoridades e pessoas que o quisessem...

Por falta de dinheiro, os trabalhos da nova construção foram começados com um só pedreiro e dois serventes. No fim do ano foram suspensos os trabalhos, estando as paredes, então, quase no respaldar".
(Idem - p.19).

Continua a informação do Livro de Tombo:
Em 1930 - "Em setembro foram recomeçados os trabalhos da Capela de São João Batista, em Lagoa Seca. As paredes foram concluídas e a capelinha foi coberta e ladrilhada. As despesas chegaram a oito contos de réis (8:00$000), dinheiro que foi quase todo adquirido em esmolas nas festas do Alecrim e nas casas particulares, pelo Revmo. padre Agostinho Hanneken".

"Para segurar o terreno contíguo à capela e que estava para ser vendido, foi ele comprado, juntamente com a casa por dois contos e quinhentos mil réis (2:500$000), soma esta que os padres da Sagrada Família pagaram, com a condição de que a restituísse no mais breve possível".

"Aos seis de setembro de 1931, o Mons. Alfredo Pegado Cortez procedeu a cerimônia da bênção da Capela de São João Batista. Às 17 horas do mesmo dia, Dom Marcolino Dantas benzeu as imagens de São João Batista e da Santa Terezinha do Menino Jesus. Aquela foi presente do sr. Manoel Maria Segundo e, esta, presenteada pela senhorita Erycina Silva."
(Livro de Tombo da Paróquia do Alecrim).

Entre os anos de 1959 e 60, os padres do Alecrim fizeram vários melhoramentos nesta capela, como o telhado, reboco interno, piso de cimento, altarmor e uma parte da torre.

Aos 9 de janeiro de 1963, Dom Eugênio de Araújo Sales, administrador apostólico da Arquidiocese de Natal, criou a Paróquia de Morro Branco e Lagoa Seca. Por conseguinte, a partir de então, a capela de São João Batista de Lagoa Seca passou a ser administrada pelos padres Redentoristas, da Paróquia de Morro Branco.

Trechos tirado do Livro de Tombo da Paróquia de São João Batista

Tendo sido dado, anteriormente, pelo município um pequeno terreno sito à rua São José, esquina com a rua Alexandria e julgado geralmente impróprio para a construção da futura capella, ofereceu o Sr. Manoel Bezerra um pedaço de um terreno, na curva do Bonde, começando-se então, ali, os trabalhos da construção. Havendo entre a rua e a presente construção um terreno de João Alexandrino de Lima, foi aquele comprado para a capella.

A licença da construção da capella foi dada pelo administrador diocesano no mês de julho, como consta no seguinte termo:

Mons. Alfredo Pegado de Castro Cortez
Protonotário Apostólico

Atendendo ao que nos requereu o Revdo. Sr. Padre José Bissinger, vigário de Alecrim, no sentido de lhe ser concedida a necessária licença para a criação de uma capella, sob a invocação de são João Batista, no lugar “Lagoa Sêca”, da sua freguesia, depois de Havermos aprovado a planta da mesma capella, e tudo em consideração a necessidade da doação do terreno em que vai ser edificada a dita capella, por escritura, conforme o direito. Havemos por bem conceder a licença impetrada, e, quanto ao mais, servatis de jure servandis.

Dada e passada, nesta cidade episcopal de Natal, aos 31 de julho de 1928.
Pe. Euclides Landim, secretário interino do Bispado, a subscrever.

Logo após a festa foram iniciados os trabalhos da pintura do interior da igreja.
No mesmo mês de julho se formou no subúrbio de Lagoa Sêca uma comissão para começar lá a construção de uma pequena capella.